Al sur de la provincia se halla la cuenca del Napo. El Napo se forma de la unión de los ríos Jatunyacu y Anzu que nacen en la cordillera oriental. El Anzu forma el valle donde se levanta Arosemena Tola. A orillas del Napo se asienta Puerto Misahuallí, un destino turístico conocido a nivel mundial. En Misahuallí la oferta turística apunta hacia los recorridos por la selva, contactos con las culturas quichua o huaorani, navegación por los ríos, medicina natural, shamanismo etc.La arteria fluvial del Napo es conocida como la ruta del oro porque luego de las crecientes del ríos cientos de personas se dedican a lavar artesanalmente el oro que se acumula en sus playas.