A partir de ahí dejó de escucharse el nombre de quijo. Muchos historiadores se preguntan qué pasó con esta nación tan poderosa?

El genocidio del pueblo quijo se convirtió en política estado. La presencia de gente como Jumandy y sus caciques ponía en peligro el éxito de la conquista.

Muchos quijos tuvieron que huir y una minoría guiada por sus pendes se sumergió en el anonimato étnico como estrategia de supervivencia. Cerca de Cotundo existe una laguna donde, en ciertas noches de luna, es posible escuchar la bulla y los cánticos de los quijos que viven en una dimensión paralela a la nuestra.

Los conquistadores en su afán de borrar toda huella de su existencia comenzaron a nombrarlos como yumbos o alamas. Los jesuitas introdujeron el seona primero y kichwa después como lengua general de catequesis y comunicación. Ocuparon este territorio con grupos de cofanes, omaguas etc. traídos desde lugares lejanos, con el propósito de establecer un mestizaje que apacigüe la sangre indomable de los quijos.

Los quijos, desde la clandestinidad racial y con gentilicios prestados idearon varias formas de lucha contra la esclavitud y la opresión. Fueron los primeros en liberarse del yugo de la encomienda. Para 1662 eran hombres libres que tributaban directamente al Rey.Los misioneros intentaron que desaparezcan las prácticas shamánicas y los congregaron  a vivir en pueblos dirigidos por ellos. No lo consiguieron. Los comerciantes los endeudaron hasta convertirlos en esclavos. Al final ellos desaparecieron y los descendientes de los quijos siguen en su tierra.

En 1808, ante el abuso de las autoridades, con los jeberos y mainas lanzaron su grito de independencia como ejemplo de lo que sucedió un año después en Quito.El Gobierno trató de embrutecerlos por medio del trago, pues desde los estancos pagaba con licor las horas de trabajo. Este es un mal del cual aún luchan por salir.