Lo que no pudo conseguir la influencia de la breve ocupación del territorio de los shirys por parte de los incas, lo lograron los procesos de evangelización. El idioma de los quijos perdió su vigencia cuando los curas y doctrineros cumplieron las constituciones sinodales que exigían que se predicara en la lengua de los indios,  y el único idioma originario que conocían era el kichwa o lengua general

En lo que tiene que ver a sus raíces lingüísticas este idioma pertenecía al grupo shillipanu, por ellos existen algunas palabras que en su pronunciación y significado se parecen a la de los idiomas que hablan los cofanes, zátchilas y chachis.

Los estudios realizados por Eduardo Bedoya determinan que los quijos, coayqueres, zatchila, chachis y cofanes son parte de la familia etno lingüística shillipanu