Quijos fue conocido desde siempre como un territorio rico en oro y famoso por el poder de sus pendes o shamanes.

El 12 de febrero de 1542,  Francisco de Orellana y sus intrépidos aventureros, tuvieron la oportunidad de convertirse en los primeros españoles que navegaron por el río Amazonas, el más grande del mundo, entregándole a Quito el derecho de esta singular hazaña

Durante la conquista española Napo fue parte de la Gobernación de Quijos, Sumaco y la Canela.

El 28 de noviembre de 1578 los quijos quemaron las poblaciones de Archidona y Avila. Jumandy, Gran Cacique de Guerra, quería expulsar a los españoles de la zona y avanzar hasta Quito.

El levantamiento fracasó. Jumandy y sus lugartenientes fueron condenados a muerte y ejecutados en la plaza de San Blas en Quito.

En 1808 los habitantes de Jeberos, la Laguna y Quijos proclamaron su independencia cansados de la opresión de los españoles, adelantándose en un año a la revolución del 10 de Agosto de 1809.   El Gobernador de Quijos, don Juan Miguel Melo, luego de la masacre del dos de agosto de 1810, declaró la nuestra independencia. Después de largos meses, el 20 de septiembre de 1812 , el nuevo Gobernador de Quijos, Fernández Álvarez, recién pudo informar la derrota de los sublevados de Napo y la recuperación de Archidona